Hệ thống Đại học ASEAN nổi lên từ một ý tưởng đầy tham vọng của các nhà lãnh đạo ASEAN và Tiểu ban ASEAN về giáo dục (ASCOE) để thiết lập một trường đại học ASEAN. Một năm sau khi ý tưởng này đã được đưa ra, nó trở nên rõ ràng rằng điều này sẽ trình bày quá nhiều vấn đề liên quan đến kinh phí, địa điểm và lãnh đạo. Vì vậy, vào năm 1994, nó đã được quyết định rằng việc thành lập một mạng lưới các tổ chức hiện hành sẽ là khả thi hơn. Trong những năm đầu (1995-1999), AUN chủ yếu tập trung vào việc chia sẻ kiến thức và kinh nghiệm và trên sinh viên quy mô nhỏ và trao đổi nhân viên. Từ năm 1999, các hoạt động hợp tác trở nên phức tạp hơn với các chương trình như phát triển chương trình giảng dạy chung, hợp tác trong lĩnh vực CNTT và thành lập các tiểu mạng. Đây không chỉ là trường hợp đối với hợp tác nội khối ASEAN mà còn cho các hoạt động với các đối tác đối thoại.

Điều này cũng dẫn đến việc thành lập một ban thư ký thường trú tại Bangkok tháng 3 năm 2000. Mặc dù có tồn tại một ban thư ký từ năm 1997, Ban thư ký này chỉ là tạm thời. Với Văn phòng thường trực cũng đã gia tăng tài trợ cho ban thư ký. Ngoài các chi phí hoạt động cho Ban thư ký AUN, cũng làm hỗ trợ tài chính cho các hoạt động AUN tăng đáng kể từ năm 1999. Ngoài tăng trưởng về tài chính, dự án cũng đã trở thành toàn diện hơn. Đặc biệt, chương trình đảm bảo chất lượng AUN có mục tiêu rất tham vọng. Điều này cũng có thể hình thành một bước ngoặt trong ý nghĩa là thông qua các dự án như vậy tất cả các thành viên của các trường đại học tham gia sẽ bị ảnh hưởng. Nhiều người trong số các hoạt động hiện tại đang tập trung vào cá nhân cụ thể của các trường đại học, và nhiều học sinh khác và nhân viên không được tham gia vào các hoạt động không quen thuộc với AUN và các hoạt động của nó. Hầu hết các sàn giao dịch và các cuộc tụ họp ví dụ, mặc dù thành công, đã rất khiêm tốn trong tác động của nó trên các trường đại học như một toàn thể. Một lời giải thích cho điều này nằm trong nhân vật từ trên xuống của các hoạt động, với sự tham gia cao của các trường đại học (và ở một số nước chỉ có sự tham gia khiêm tốn của khoa.